生物醫學工程專業是融合化學、數學、物理學、生物學、醫學與工程技術等專業的交叉學科，服務于生物學、醫藥學和公共衛生學。我校生物醫學工程碩士專業依托藥學學科，緻力于将生物醫學工程技術融合到藥物研發的各個環節中，利用生物信息學、分子影像技術及各種實時監測技術平台，進行重大疾病的發生發展機制研究、診斷試劑研制、靶向藥物的設計、合成及評估等。
本專業堅持立德樹人根本任務，培養碩士生德、智、體、美、勞全面發展，掌握生物學、醫學、工程學的基礎理論和系統的專門知識，了解所在學科領域的前沿，接受系統的科學研究訓練，并能設計科研方案和進行富有成果的科學研究。
本專業基本學制為3年，采取“導師負責制”和“導師組集體培養”相結合的方式進行培養。研究方向包括：
1. 分子影像及藥物靶向遞送
以腫瘤等重大疾病為研究對象，綜合運用化學、生物學、生物藥物信息學、分子影像學等多學科交叉的技術和方法,開發構建腫瘤響應、高特異攝取的靶向抗腫瘤前藥研究；通過構建新型多功能納米載藥系統，實現藥物的靶向運輸和可控釋放，探索在腫瘤等重大疾病的多方式聯合治療與免疫治療中的應用。
2. 精準醫學診斷新技術
基于重大疾病診療相關的生物标志物，開發可應用于疾病防控、早期診斷的新型生化檢測、免疫檢測和分子診斷新技術、新方法和新産品； 研制新型仿生納米材料和小分子熒光探針，探索在生物檢測、成像、診斷和治療中的應用研究。
3. 活性成分智能分析技術
基于人工智能、機器學習、大數據分析等技術平台，針對藥物、食品、環境中的活性成分分子以及疾病生物标志物等，開發基于新型傳感系統和計算機系統的智能識别、智能監測和智能報告體系。